Actualmente, el puerto de Bilbao dispone de un amplio número de líneas de corta distancia para la distribución de frutas y hortalizas. En concreto, cuenta con conexiones a Alemania, Francia, Reino Unido, Países Bajos, Bélgica y Escandinavia, entre otros. Además de los servicios lo-lo para contenedores, cuenta con tres servicios ro-ro para contenedores y camiones con mercancía.
Las conexiones marítimas se complementan con agilidad en las tramitaciones y servicios intermodales ferroviarios con Vitoria, Burgos, Madrid, Guadalajara, Sevilla, Zaragoza, Navarra, Barcelona, Castellón, Valencia y Murcia. Este último, con salida de Nonduermas, ofrece un servicio regular de trenes frigoríficos.
Durante la feria internacional Fruit Attraction, que se celebra en Madrid entre el 15 y el 17 de octubre, la Autoridad Portuaria dará a conocer la oferta para la entrada de frutas y hortalizas procedentes de Sudamérica y África, para lo que dispone de un Puesto de inspección Fronterizo o PIF, en cuyos laboratorios se realizan todos los controles sanitarios de manera coordinada con los organismos de inspección.
Junto al PIF, el puerto cuenta, entre otras instalaciones, con una terminal de productos perecederos que tiene una capacidad de 25.000 m³, equivalentes a 5.000 toneladas de producto. Diferentes módulos de almacenajes posibilitan la conservación de las mercancías a temperaturas que varían entre los +12º y -5º C en fresco o refrigerado y hasta -22º C en congelado. Dispone, además, de almacenes privados en la zona logística y de 486 tomas para contenedores refrigerados en la terminal de contenedores.
Entre las mercancías que se mueven por este enclave destacan las hortalizas congeladas, la partida de cebollas, ajos y puerros, las patatas, los cítricos o las lechugas.