Durante los últimos años, la Autoridad Portuaria de Bilbao ha aumentado su colaboración con Mercabilbao, como parte de su política comercial, lo que ha permitido incrementar los flujos de entrada de frutas y hortalizas. En 2014, este tráfico creció un 2,5%.
La oferta y frecuencia de servicios con los principales puertos europeos hacen de Bilbao una salida natural para las exportaciones españolas a Alemania, Francia, Reino Unido, Holanda-Países Bajos, Bélgica o Escandinavia. En este sentido, además de los servicios lo-lo para contenedores, cuenta con servicios ro-ro para contenedores y camiones con mercancía.
Las conexiones marítimas se complementan con la agilidad en las tramitaciones y servicios intermodales ferroviarios. En este ámbito, destaca el servicio ferroviario a Murcia, con salida desde Nonduermas. Esta conexión ofrece un servicio regular de trenes frigoríficos, que en 2014 han crecido un 6,5%.
También cuentan con una oferta de entrada de frutas y hortalizas procedentes de Sudamérica y África, para lo que el puerto de Bilbao dispone de un Puesto de inspección Fronterizo (PIF), en cuyos laboratorios se realizan todos los controles sanitarios de manera coordinada con los organismos de inspección. Junto al PIF, el puerto cuenta, entre otras instalaciones, con una terminal de productos perecederos que tiene una capacidad de 25.000 m³, equivalentes a 5.000 toneladas de producto.
El puerto de Bilbao y Mercabilbao estarán presentes en Fruit Logística, que se comienza en Berlín el 4 de febrero, donde darán a conocer, las ventajas competitivas para este sector, haciendo especial hincapié en la infraestructura y en el número de líneas de Short Sea Shipping del puerto bilbaíno.