Hasta ahora, y según denuncia la Comisión Europea, el sistema español posibilitaría que las compañías navieras adquirieran buques, bajo determinadas condiciones, a un precio entre un 20 y un 30 % inferior al de mercado. Según la Comisión Europea esto podría favorecer a las compañías que se benefician de estos incentivos fiscales.
De acuerdo con el ejecutivo comunitario, el régimen español permitiría que una empresa de transporte adquiriese un barco a través de una estructura contractual y financiera compleja y no directamente a un astillero. Los incentivos consisten en permitir la amortización acelerada, en tres años y medio , de los buques que se construyen en España y que permite ahorrar impuestos a los inversores que financian la construcción.
La decisión de abrir una investigación, que tiene forma de carta de emplazamiento a la que el Gobierno español tiene dos meses para contestar, se basa en las sospechas de que dichas ayudas son incompatibles con el derecho comunitario.