El funcionamiento de los corredores es coordinado través de una Comisión Ejecutiva, compuesta por los Estados que las integran.
La Comisión Nacional de los Mercados y la Competencia, CNMC, ha firmado los acuerdos de cooperación previstos en el Reglamento 913/2010 con los reguladores de otros países presentes en el Corredor Atlántico y el Mediterráneo. El primero se ha firmado con los reguladores portugués, francés y alemán, y el segundo con los reguladores francés, italiano, esloveno, húngaro y croata.
Esta normativa regula las funciones de los organismos reguladores en los corredores internacionales de mercancías, de forma que cooperarán para supervisar la competencia,garantizando que no haya discriminación en el acceso a estas infraestructuras, así como el intercambio de información.
Así, los convenios suscritos establecen las reglas de cooperación entre los diferentes reguladores en caso de que se presente una reclamación, indicando el intercambio de información que deben realizar, así como las reglas para decidir el organismo competente para tramitar la denuncia.
El funcionamiento de los corredores es coordinado través de una Comisión Ejecutiva, compuesta por los Estados que las integran, que es quien define los objetivos generales.
Un Consejo de Administración, compuesto por los administradores de las infraestructuras, se encarga de su gestión y del plan de inversiones, y designa la ventanilla única, que asignar la capacidad de las infraestructuras en función de las peticiones de las empresas ferroviarias.
La sede del Consejo de Administración del Corredor Atlántico está en Francia y la ventanilla única en España, mientras que en el caso del Mediterráneo, ambos órganos se sitúan en Italia.
El CRFA, predecesor de la CNMC como regulador ferroviario, ya firmó los primeros acuerdos de cooperación en 2013, pero la reciente extensión a Alemania, en el marco del Corredor Atlántico, y a Croacia, en el caso del Mediterráneo, han hecho necesario modificar los acuerdos iniciales.