El Gobierno vasco está trabajando actualmente en un nuevo proyecto más austero para regenerar la bahía de Pasajes con el objetivo de una “integración ciudad-puerto”. Así, el proyecto de construir la dársena al exterior de la bahía se construiría en poco más de 13 Ha de la Zona de la Herrera, lejos de las 70 Ha previstas hace meses al inicio de las negociaciones.
La intervención se paralizó después que las instituciones se fueran descolgando paulatinamente. Por ello, según informa el periódico regional Diario Vasco, la Consejería de Medio Ambiente y Ordenación del Territorio y Política Territorial del ejecutivo vasco ha remitido a la Diputación de Guipúzcoa, a Puertos del Estado y a los ayuntamientos de la bahía un documento para reactivar la regeneración de Pasajes. El gobierno Vasco persigue "un acuerdo interinstitucional para la regeneración de la bahía".
En 2011 se firmó un protocolo con Fomento para la construcción del puerto exterior y la regeneración de la bahía. En el acuerdo se determinaba la financiación de la nueva dársena, los compromisos que adquiría cada adminisración, así como el endeudamiento de la Autoridad Portuaria y de la inversión pública privada en la nueva dársena.
Sin embargo, ya en 2013, cuando las obras iban a comenzar, el proyecto se paralizó tras la negativa del gobierno Vasco a apostar por la construcción del puerto exterior, sumada a la del gobierno de la Diputación y de los ejecutivos locales.
Por ello, se prevé descartar la construcción de la dársena exterior y apostar por la regeneración de la bahía como un elemento de integración ciudad-puerto. El documento remitido por la Consejería se enmarca bajo tres perspectivas: la socioeconómica, la medioambiental y la urbana.