La terminal dispone actualmente de dos vías de ancho ibérico.
El Departamento de Territorio y Sostenibilidad de la Generalitat de Cataluña ha licitado la redacción del proyecto para la implantación de la vía de ancho internacional (UIC) en la terminal de mercancías de Vilamalla, en el Alto Ampurdán (Gerona), que dispone de dos vías de ancho ibérico con una longitud útil de 478 metroscada una.
El proyecto prevé actuaciones tanto en la propia terminal como en la Red Ferroviaria de Interés General (RFIG). Respecto a la terminal pública, gestionada conjuntamente por Cimalsa y la Autoridad Portuaria de Barcelona, tiene una superficie de 3,5 hectáreas y forma parte del Corredor Mediterráneo y de la red transeuropea de transporte.
El proyecto permitirá impulsar esta infraestructura y dar respuesta a las demandas de las empresas que aspiran a utilizar la terminal cuando cuente con la vía UIC. Del mismo modo, la actuación contempla la conexión de la terminal a la RFIG, al menos en el lado norte. Asimismo, se cambiará el uso y los anchos actuales de las cuatro vías existentes.
Las vías 2 y 4 serán de ancho mixto, con 750 metros de longitud, y servirán como vías de expedición y recepción. Por su parte, la vía 3 se mantendrá como vía de ancho ibérico para el tráfico general entre Figueras y Barcelona. La 1, de ancho mixto, permitirá el tráfico entre Barcelona y Figueras, y los servicios entre Barcelona y Vilafan, en los dos sentidos.
También se prevé la realización de obras en el interior de la terminal para dotarla de vías de ancho mixto y llevar a cabo todas las actuaciones necesarias que se deriven de ellas, ya sea por motivos de seguridad, de señalización o de mejora. En este sentido, se baraja la mejora de la estación de Vilamalla.