Nacida en Arcos de la Frontera (Cádiz) en 1973, Troncoso es licenciada en Administración y Dirección de Empresas por la Universidad de Sevilla e ingeniera técnica de Obras Públicas, en la especialidad de construcciones civiles, por la de Cádiz. Funcionaria de la Junta de Andalucía, desde 2010 ocupaba la Jefatura de Servicio de Infraestructuras en la delegación provincial de la Consejería de Medio Ambiente en Sevilla.

La nueva directora general desempeñó durante 15 años diversos cargos en la antigua Consejería de Obras Públicas y Transportes, donde fue asesora técnica de Estudios y Proyectos en la Dirección General de Infraestructuras Viarias (2004-10) y trabajó en los servicios de Gestión Presupuestaria de la Dirección General de Transportes (2003-04), Presupuestos de la Secretaría General Técnica (2002-03) y Coordinación de la Viceconsejería (1999-2001), así como en la Dirección General de Carreteras (1995-98).

María Auxiliadora Troncoso también ha desarrollado su trayectoria profesional en el ámbito de la empresa como responsable de control y seguimiento de obras y como técnica de apoyo para el diseño de las Rutas del Legado Andalusí en la sociedad Cetursa Sierra Nevada, SA.