El 2012 el incremento del tráfico ferroportuario en Bilbao se cifró en un 3,7%. Así, sobre el conjunto del tráfico, el 4,2% de las mercancías utilizaron el ferrocarril frente al 49,7% de la carretera. Por oleoducto/gaseoducto se transportaron el 46,1% del total de mercancías.
En total 1.215.000 tn utilizaron el ferrocarril para entrar o salir del puerto por vía terrestre. Sin tener en cuenta los tráficos que no saldrán con transporte del puerto este volumen indica que realmente el 7% de las mercancías utilizaron el ferrocarril.
En contenedores, el tráfico superó los 90.000 TEUs, lo que representa el 15%. La mercancía en convencional y a graneles de los muelles comerciales que utilizó el ferrocarril, representó el 13% del total de tráfico ferroportuario, con un importante descenso compensado por el incremento del 28% de las toneladas en contenedor.
Desde el puerto de Bilbao hay salidas / llegadas a Madrid, Burgos, Valladolid, Vitoria, Barcelona, Valencia, Zaragoza, Guadalajara, Sevilla y Castellón. A esta oferta se incorporará próximamente Murcia.