De acuerdo al proceso de ordenación y racionalización del sector público que el Gobierno de Navarra está llevando a cabo a través de la Corporación Pública Empresarial de Navarra, se ha hecho efectiva una operación de fusión por absorción de la Agencia Navarra del Transporte y la Logística por parte de la Ciudad del Transporte de Pamplona.
Como consecuencia de dicha operación, se ha producido la disolución sin liquidación de la sociedad absorbida, Agencia Navarra del Transporte y la Logística, S.A, transmitiéndose en bloque, mediante sucesión universal, todo su patrimonio a la sociedad absorbente Ciudad del Transporte de Pamplona, S.A, que adquiere la razón social Agencia Navarra del Transporte y la Logística, S.A.
Como consecuencia de este proceso, desde el pasado 1 de octubre es Agencia Navarra del Transporte y la Logística, S.A, con domicilio en la Plaza Europa nº1, Edificio Alaiz, 2º Planta, en la localidad de Imárcoain y CIF: A-31/357908, la titular de todos los derechos y obligaciones de las dos sociedades previamente existentes.