Las instalaciones están situadas en la estación marítima de Botafoc.
La Comisaría General de Extranjería y Fronteras cuenta con nuevas dependencias en el puerto de Ibiza para el control fronterizo, que han sido adaptadas a las necesidades policiales para poder desarrollar las correspondientes gestiones de una manera eficaz.
Entre sus principales funciones se encuentran el control de embarcaciones, pasajeros y tripulantes procedentes de estados que no forman parte del espacio Schengen, el visado y sellado de pasaportes, y la supervisión de embarques y desembarques de los buques de cabotaje.
A mediados de 2015, el proceso de autoevaluación Schengen de las fronteras exteriores de España, concluyó que el puerto carecía de la infraestructura necesaria para llevar a cabo este tipo de gestiones, lo que ha llevado a la Autoridad Portuaria de Baleares a implementar y adaptar estas instalaciones.
De momento, están situadas en la estación marítima provisional de Botafoc, a la espera de que se construya la nueva. Allí, operan actualmente cuatro funcionarios del Cuerpo Nacional de Policía.