El CEF ya ha cofinanciado varios proyectos de transporte combinado centrados sobre todo en soluciones de digitalización, pero también debería financiar el desarrollo de terminales de transbordo intermodal, donde no ha tenido tanto éxito.
En 2023, se han producido una serie de acontecimientos con resultado negativo para el transporte combinado a causa de catástrofes naturales, un gran descarrilamiento y obras de gran envergadura en toda la red.