Para este tipo de productos, el puerto cuenta con una terminal de 25.000 metros cúbicos.
La Autoridad Portuaria de Bilbao volverá a presentar en Fruit Attraction su oferta para el transporte de frutas y hortalizas al norte de Europa y como entrada de las mercancías que llegan de países sudamericanos como Colombia y Ecuador. En 2014, este tráfico creció un 2,5%.
Bilbao es, por un lado, el puerto atlántico mejor conectado con Europa Atlántica, con 20 salidas semanales.Destacan, especialmente, los servicios con países como Reino Unido, Irlanda, Holanda-Países Bajos, Suecia, Finlandia, Polonia y Rusia.
Estas líneas se complementan con la oferta de servicios ferroviarios con la península ibérica. Destaca el tren frigorífico con dos frecuencias semanales que une Bilbao con Murcia, y que es gestionado por MacAndrews.
Por otro lado, dispone, entre otras instalaciones, de un Puesto de inspección Fronterizo, PIF, y con una terminal de productos perecederos que tiene una capacidad de 25.000 m³, equivalentes a 5.000 toneladas de producto.
Además, a 20 kilómetros del puerto está Mercabilbao, un gran centro de distribución de alimentos perecederos, con 87 puestos para la venta de frutas y verduras, y 10 puestos para la maduración del plátano.