Ecutrans fue fundada en 1996 por el agente de adunas Carlos Llanos para dar un servicio de transporte internacional, especializado en grupaje terrestre y transporte marítimo. En 1997 evolucionó hacia las operaciones logísticas y en 2006, para complementar su gama de servicios, se integró en la red de Palletways.
A partir del día 1 de agosto Ecutrans también se encargará de Guipúzcoa desde su plataforma situada en Irún en el polígono industrial Soroxarta, en un área situada cerca de San Sebastián y también de la frontera francesa.