La Comisión Europea de obligar al sector español de astilleros a devolver las ayudas fiscales recibidas desde 2005, mientras se complica la negociación entre sindicatos y patronal de la estiba para lograr cerrar un consenso sobre el IV Acuerdo Marco del sector, conseguido a finales de julio.
Además, en agosto se conocía que la Junta de Andalucía había dejado de ingresar 73 millones de euros debido a que los transportistas andaluces repostaban en otras comunidades autónomas en donde devolvían el impuesto sobre los hidrocarburos. Mientras, el Ministerio de Transportes francés anunciaba el retraso de la ecotasa hasta el 1 de enero de 2014 y Hacienda notificaba de que no se modificaría el régimen de módulos en el sector del transporte en 2014.
Además, la Guardia Civil detuvo a 17 personas en Cataluña y Andalucía por una trama de corrupción en torno a las gasolineras de Petromiralles y el gasóleo siguió marcando mínimos con un precio de 1,308 euros.
En el sector marítimo, el segundo trimestre del pasado 2013 está marcado por la confirmación de la denuncia de la Comisión Europea a España por su modelo de estiba. Además, empiezan a operar los megacontenedores, con el Triple E de Maersk o el Jules Vernes de CMA CGM. Además, las incertidumbres sobre el Tax Lease español a los astilleros hacen peder pedidos.
Tras la insistencia del CRF, el Gobierno anuncia la próxima reforma de la Ley del Sector Ferroviario, con el objetivo de adaptarla a las exigencias europeas. Además, en este segundo trimestre Bruselas declara definitivamente prioritario al Corredor Mediterráneo y descarta la travesía central de los Pirineos. Renfe deja de ser una única empresa y se divide en cuatro sociedades independientes para competir en el mercado liberalizado ferroviario que entra en funcionamiento a finales de julio.
Otras noticias destacadas del segundo trimestre de 2013 fueron el acuerdo firmado entre Renfe y la alemana DB Schenker para colaborar en el transporte ferroviario de mercancías y el impulso de UNO a un convenio específico para los operadores logísticos.
El primer trimestre del pasado 2013 estuvo marcado por las protestas de UGT y CCOO porque el II Convenio de Autoridades Portuarias firmado a mediados de 2012 no era autorizado por la CECIR, el organismo de Hacienda competente para dar el visto bueno a los convenios colectivos. En su opinión, esta acuerdo incumplía las restricciones impuestas por el Gobierno a los trabajadores públicos. Mientras, la naviera Suardiaz empieza a desarrollar su plan para poner en marcha la autopista del mar de Vigo, con le beneplácito de Francia y España. También los sindicatos de la estiba inician las conversaciones para alcanzar un nuevo IV Acuerdo Marco.
El año 2013 se inicia con la integración de Feve en Renfe, que asume su operativa. Durante el primer trimestre, además de que el Tribunal Constitucional declara nulas partes de la Ley del Sector Ferroviario de 2003, también el Tribunal Europeo de Justicia condena a España por incumplir la liberalización del sector ferroviario.
Además, la CE vetó la fusión entre UPS y TNT Express, por la posible restricción de la competitividad entre empresas de mensajería en algunos Estados miembros, y también se pactó finalmente el ERE de Iberia a través de un mediador.
Otras noticias destacadas en el primer trimestre fueron las multas de Competencia a ALTC, Cotraport y la Autoridad Portuaria de Barcelona por su participación en un cártel para fijas los precios de los servicios de transporte de contenedores, así como también el rechazo de las patronales contra la "euroviñeta" catalana.